仅用于分享知识信息,可搜索到目标化合物相关的专利及文献,https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/多序列比对https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/3、Primerbank有很多被验证过好用的qPCR引物(人和小鼠基因),经常需要借助各种在线数据库,因此整理了生物医学、化学、新药研发等常用数据库及网站向大家分享,包括人名反应的反应机理、参考文献,请联系公众号处理,http://gepia.cancer-pku.cn/2、R2(生信分析工具)https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi3、Kaplan-MeierPlotter对多种肿瘤标志物进行大数据分析https://kmplot.com/analysis/4、HumanProteinAtlas用于人类蛋白质全基因组分析,很全很详细)https://www.uniprot.org/2、PDB(蛋白质晶体数据,包括组织、大脑、单细胞、亚细胞、免疫细胞、mRNA、代谢等数据,药物、疾病、靶点数据。
https://www.drugs.com/07专利下载数据库1、美国FDA药品专利数据库(U.S.FDADrugsPatentDatabase)https://www.drugfuture.com/fda/drugpatent.aspx2、中国专利全文下载https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp3、美国专利全文下载https://www.drugfuture.com/uspat/us_patent.asp4、欧洲专利全文下载https://www.drugfuture.com/eppat/patent.asp5、Soopat专利搜索6、Patsnap智慧芽全球专利数据库(有的需要收费)https://www.zhihuiya.com/products.html08新药研发常用数据库及网站1、美国FDA药品数据库(U.S.FDADrugsDatabase)https://www.drugfuture.com/fda/2、中国药品注册数据库(ChineseMarketedDrugsDatabase)https://www.drugfuture.com/cndrug/3、美国FDA批准药物非活性成分数据库(InactiveIngredientSearchforApprovedDrugProducts)含有FDA上市产品中包含的辅料信息数据,可以尝试在这里免费下载)https://sci-hub.se/3、GoogleScholar(搜索能力很强,但有使用门槛)https://scholar.google.com/4、Xmol(搜索界面很友好,主要分为以下8大类,https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/4、BroadsgRNADatabase(已验证的sgRNA库)哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所设计的已验证过的gRNA数据库,,方便查询,可按影响因子及年限搜索)https://www.x-mol.com/5、必应(GoogleScholar用不了时用它)https://cn.bing.com/6、webofscience(文献搜索利器)https://www.webofscience.com/02基因组、蛋白质组数据库1、Uniprot(蛋白质的各种数据
可做TCGA GTEx数据分析等
欢迎交流补充!文献检索网站基因组、蛋白质组数据库蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站生信分析工具网站NovoPro(集大成的在线工具)化学小分子药物数据库专利下载数据库新药研发常用数据库及网站01文献检索网站1、PubMed(很常用)https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/2、Sci-hub(一些收费的文献,生物医学、药物研发常用数据库及网站(很全),如急性毒性、长期毒性、遗传毒性、致癌与生殖毒性及刺激性数据等,以便高效完成科研工作,https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/2、新版有机人名反应数据库(OrganicNameReactions)非常全。
https://pharmacy.medpeer.cn/8、药物信息网(非常全)提供超过24,000种处方药和非处方药的详细和准确信息,https://www.proteinatlas.org/05NovoPro(集大成的在线工具)https://www.novopro.cn/tools/在线工具:多肽性质计算器密码子优化工具多肽抗原设计核酸序列DNAGC含量计算器重复序列查找蛋白质二级结构定义工具查找回文序列蛋白疏水性分析蛋白质消光系数计算器寡核苷酸(引物)计算器简并密码子/简并引物设计(deCoDer-R)简并密码子/简并引物设计(非冗余)(deCoDer-NR)计算简并密码子编码氨基酸蛋白溶剂可及表面积计算器蛋白质信号肽预测蛋白质跨膜区预测蛋白质核定位信号预测蛋白二级结构预测硒代甲硫氨酸替换成甲硫氨酸多肽序列转成SMILES多肽库设计蛋白酶消化工具SMILES转成3D结构模型3D模型分子转成SMILESNCBIBLAST(秒开)3D结构模型在线绘图结合能计算亲和力抗体可变区序列编号抗体可变区FR/CDR标注多序列比对环形DNA比对工具序列文件格式转换蛋白质/多肽等电点计算器蛋白质可溶性预测双序列比对(全局比对)双序列比对(局部比对)蛋白质无序区域预测蛋白质motif分析蛋白质SDS-PAGE显示分子量预测小分子相似性计算二级结构与序列美化展示离心机转速与离心力在线换算格式转化工具:反向核酸序列互补转换反向翻译FASTA序列拼接EMBL格式转换为FASTAEMBL翻译后序列提取EMBL序列特征提取DNA序列过滤器蛋白质序列过滤器GenBank转换为FASTAGenBank序列特征提取器GenBank翻译提取器单字母简写转换成三字母氨基酸提取指定位置DNA序列提取指定位置蛋白质序列按密码子拆分DNA序列FASTA拆分三字母氨基酸转换成单字母缩写从窗口提取DNA序列从窗口提取蛋白序列序列分析工具:密码子点阵密码子频率及频次计算工具CpG岛预测计算DNA分子量DNA模式查找DNA碱基统计DNA模糊搜索蛋白质模糊搜索序列相似性计算多条蛋白质序列反向翻译DNA序列突变成内切酶位点开放阅读框ORF查找成对排列密码子成对排列DNA成对排列蛋白质PCR引物性质计算根据引物模拟PCR产物蛋白平均疏水性计算蛋白分子量计算蛋白质模式搜索蛋白氨基酸统计汇总虚拟限制性内切酶酶切酶切位点汇总DNA序列翻译成氨基酸序列06化学小分子药物数据库1、PubChem含有机小分子生物活性数据、生环化材中应用分子的数据模型库,https://www.genscript.com/gRNA-database.html5、CHOPCHOP(sgRNA在线设计)6、CRISPick(sgRNA在线设计、及查询)哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所提供的工具,https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public7、Addgene(质粒序列数据库)https://www.addgene.org/8、Snapgene(质粒序列数据库)https://www.snapgene.com/04生信分析工具网站1、GEPIA(基因表达分析)由北京大学的团队开发的基因表达分析网站,https://www.drugfuture.com/Organic_Name_Reactions/index.html3、药物合成数据库检索系统(DrugPreparationDatabase)https://www.drugfuture.com/synth/synth_query.asp3、化学物质索引数据库(ChemicalIndexDatabase)含有大量具药理活性及生物活性的化学物质信息数据https://www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx5、ChemBlink来自全球的化学物质在线数据库https://www.chemblink.com/6、化学物质毒性数据库(ChemicalToxicityDatabase)收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据,如涉及版权等问题,应有尽有)https://www.rcsb.org/3、KEGG(基因组、信号通路等信息)https://www.genome.jp/kegg/4、Genecards(基因数据库)https://www.genecards.org/5、GeneOntology(基因、信号通路)http://geneontology.org/03蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站1、NCBIBlast(常用)https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi2、ClustalOmega(好用)蛋白序列、DNA序列比对,https://www.drugfuture.com/toxic/7、药学数据库(MedPeerDrugsDatabase)来自美国、欧盟、日本、加拿大等国家权威数据信息,生命科学、医学、化学、药学等领域的科研人员,https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx4、FDA药品注册法规https://www.registrarcorp.com/5、DrugbankOnline(临床试验数据库)https://go.drugbank.com/6、药用辅料手册(HandbookofPharmaceuticalExcipients)最权威的制剂辅料专著!https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html7、药品标准查询数据库(DrugStandardDatabase)https://www.drugfuture.com/standard/index.html8、ICH指南(国际人用药品注册技术协调会)https://www.ich.org/9、美国药典在线https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/10、美国药典委员会USPhttps://www.usp.org/11、欧洲药典委员会EDQMhttps://www.edqm.eu/en/home12、国家药典委员会https://www.chp.org.cn/13、美国药品监督管理局FDAhttps://www.fda.gov/14、欧洲药品监督管理局EMAhttps://www.ema.europa.eu/en15、国家药品监督管理局NMPAhttps://www.nmpa.gov.cn/16、国家药品监督管理局药品审评中心CDEhttps://www.cde.org.cn/说明:本文内容经网络资源整理而成。